Chức danh này được bổ nhiệm theo nhiệm kỳ năm năm. Các Tổng Thư ký thường phục vụ hai nhiệm kỳ liên tiếp, riêng Boutros Boutros-Ghali chỉ ngồi ở vị trí này trong một nhiệm kỳ. Tổng Thư ký được bổ nhiệm bởi Đại Hội đồng, dựa trên sự tiến cử của Hội đồng Bảo an. Do vậy, sự tuyển chọn phụ thuộc vào phiếu phủ quyết của các thành viên thường trực của Hội đồng Bảo an. Chức danh này không được bầu chọn theo cách phổ thông đầu phiếu.

Theo quy ước, chức vụ Tổng Thư ký được chọn tuần tự theo các khu vực địa lý, nhưng vì Boutros Boutros-Ghali từ Ai Cập chỉ phục vụ một nhiệm kỳ nên một người đến từ Phi châu, Kofi Annan, được chọn để kế nhiệm. Khi Annan hoàn tất nhiệm kỳ đầu tiên, các quốc gia thành viên, vì có ấn tượng tốt với thành tích của ông, đã quyết định dành cho ông nhiệm kỳ thứ hai mà không tính đến yếu tố nên chọn Tổng Thư ký kế nhiệm từ Á châu. Cho đến nay vẫn chưa có tổng thư ký nào đến từ Bắc Mỹ hoặc châu Đại Dương.

Hầu hết các Tổng Thư ký là những ứng viên thoả hiệp xuất thân là viên chức trung cấp và ít có tiếng tăm. Những chính trị gia có thanh danh thường được giới thiệu cho chức vụ này, nhưng hầu như luôn luôn bị gạt bỏ. Chẳng hạn như các nhân vật tiếng tăm như Charles de Gaulle, Dwight Eisenhower và Anthony Eden được xem xét cho chức Tổng Thư ký đầu tiên của LHQ nhưng cuối cùng đều bị khước từ và một người đến từ Na Uy, Trygve Lie, giành được sự đồng thuận để được bổ nhiệm vào chức vụ này. Phụ thuộc vào nền chính trị quốc tế và cơ chế vận hành của nền chính trị thỏa hiệp, vì vậy dễ dàng tìm thấy nhiều điểm tương đồng trong quy trình và tiêu chuẩn tuyển chọn chức vụ Tổng Thư ký với các vị trí lãnh đạo thuộc các tổ chức quốc tế khác, trong đó nên kể đến quy trình bầu chọn Giáo hoàng cho Giáo hội Công giáo La Mã.